Вторичные структуры полипептидных цепей 4
Обсудим теперь свойства боковых групп аминокислотных остатков. В особенности я хочу остановиться на том, какие именно структуры стабилизуют те или иные остатки. Список 20 “стандартных”, т.е. кодируемых ДНК аминокислотных остатков …
Read moreВторичные структуры полипептидных цепей 3
Обсудим теперь, зная базовую физику, стабильности вторичной структуры и кинетику ее образования. Начнем с a-спиралей. Первая водородная связь в ней, (СО)0 — (HN)4, фиксирует конформации трех остатков — 1, 2, 3; …
Read moreВторичные структуры полипептидных цепей 2
Теперь можно было бы перейти к рассказу об образовании и распаде вторичной структуры. Однако прежде я хочу поговорить об основах статистической физики и термодинамики “вообще”, т.к. без этого трудно рассказывать …
Read moreВторичные структуры полипептидных цепей 1
Разобравшись с элементарными взаимодействиями, — рассмотрим сегодня вторичную структуру белков. Прежде всего у нас речь пойдет о регулярных вторичных структурах — об a-спиралях и о b-структуре, — но не только …
Read moreЭлементарные взаимодействия в белках и вокруг 5
Сегодня мы обсудим электростатические взаимодействия, точнее — те особенности, которые им придает наличие белковой глобулы и воды вокруг нее. Казалось бы, что здесь обсуждать: вы и так помните, заряд q1 …
Read moreЭлементарные взаимодействоия в белках и вокруг 4
В первой части этой лекции я хочу продолжить разговор о термодинамике. Это нам пригодится, когда мы будем потом обсуждать специфику воды как растворителя. Свободная энергия погружения разных молекул в воду …
Read moreЭлементарные взаимодействия в белках и вокруг 3
До сих пор мы не учитывали водного окружения белков. Пора восполнить этот пробел. Вода — весьма своеобразный растворитель. Прежде всего — она кипит и затвердевает при аномально высоких, для ее …
Read moreЭлементарные взаимодействия в белках и вокруг 2
Рассмотрим теперь элементарные взаимодействия атомов, не связанных ковалентно друг с другом. Но сначала вспомним, что основная причина образования химических связей — делокализация электронов, их “переход” с атома на атом и …
Read moreЭлементарные взаимодействия в белках и вокруг 1
Аминокислоты, из которых сложена полипептидная цепь (Рис.2-1), могут находиться в двух стерических формах: L и D. Рис.2-1. Боковые цепи двадцати стандартных аминокислотных остатков, исходящие из Сa атомов главной цепи. Белыми …
Read more